Vuosikokous valitsee Naisjärjestöjen Keskusliitolle hallituksen, johon kuuluvat puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa ja kymmenen jäsentä. Hallituksen puheenjohtajan ja muun jäsenen toimikausi on kolme vuotta. Henkilö voi olla hallituksen jäsen yhtäjaksoisesti enintään kuusi vuotta.
Hallitusta auttavat päätöksenteossa erilaiset toimikunnat. Toimikuntien puheenjohtajina toimivat Keskusliiton hallituksen jäsenet, mutta jäseniä voivat olla myös hallituksen ulkopuoliset jäsenjärjestöjen edustajat.
Hallitus 2026
Puheenjohtaja
Silvia Modig
Marttaliitto ry
Finlands svenska Marthaförbund rf
Suomen Nuorten Naisten Kristillisten Yhdistysten liitto ry
Tunne rintasi ry
Plan International Suomi
Naistenkartano ry
Zonta International Piiri 20 ry

Hallituksen jäsenet
Maria Pettersson
Varapuheenjohtaja
Naistoimittajat ry

Jaana Tiiri
Varapuheenjohtaja
Vammaisten naisten valtakunnallinen yhdistys Rusetti ry

Katju Aro
Naisten Linja Suomessa ry

Jutta Hartikainen
Suomen Akateemisten Naisten Liitto ry

Jenni Koivumäki
Zonta International Piiri 20 ry, Finlands Svenska Marthaförbund rf, Lyömätön Linja Espoossa ry, Marttaliitto ry, Tukinainen ry

Marjo Lyyra
Suomen Kätilöliitto ry

Minna Mannert
Suomen NNKY-liitto – YWCA of Finland, Plan International Suomi, UN Women Suomi ja Naisteologit ry

Sallamaari Muhonen
Vihreät Naiset ry

Nimco Noor
Suomen somalinaisten kehitys ry

Katja Rippstein
Marttaliitto ry
Finlands svenska Marthaförbund rf
Suomen Nuorten Naisten Kristillisten Yhdistysten liitto ry
Tunne rintasi ry

Johanna Sjöholm
Nicehearts ry
Suomen Naisyhdistys ry

Taina Vallander
Mothers in Business Mib ry

Kuvat Katju Aron ja Johanna Sjöholmin: Mari Waegelein
Muut kuvat pl Nimco Noor, Minna Mannert, Jenni Koivumäki ja Taina Vallander: Kaisa Viitasalo
