Vuosikokous valitsee Naisjärjestöjen Keskusliitolle hallituksen, johon kuuluvat puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa ja kymmenen jäsentä. Hallituksen puheenjohtajan ja muun jäsenen toimikausi on kolme vuotta. Henkilö voi olla hallituksen jäsen yhtäjaksoisesti enintään kuusi vuotta.
Hallitusta auttavat päätöksenteossa erilaiset toimikunnat: viestinnän, vaikuttamisen ja kansainvälisten asioiden toimikunta, oikeudellinen toimikunta, nuorisotoimikunta, järjestö- ja taloustoimikunta, työvaliokunta, henkilöstövaliokunta ja vaalivaliokunta. Toimikuntien puheenjohtajina toimivat Keskusliiton hallituksen jäsenet, mutta jäseniä voivat olla myös hallituksen ulkopuoliset jäsenjärjestöjen edustajat.
Hallitus 2022
Puheenjohtaja
Saara-Sofia Sirén
Suomen Voimisteluliitto ry
Hallituksen jäsenet
Tuula Pohjola
Varapuheenjohtaja
Soroptimist International Finland ry
Anu Talka
Varapuheenjohtaja
Marttaliitto ry
Helena Aaltonen
Keskustanaiset ry
Taru Anttonen
Naisten Linja Suomessa ry
Nina Hahtela
Suomen sairaanhoitajaliitto ry
Pirta Hulsi
Suomen Voimisteluliitto ry, Suomen Naisyhdistys ry
Tiina-Emilia Kaunisto
Mothers in Business MiB ry
Bahar Mozaffari
Monika-Naiset liitto ry
Katarina Murto
Suomen Akateemisten Naisten Liitto ry
Carita Orlando
Suomen Yrittäjänaiset ry
Saara Paavola
Kalevalaisten Naisten Liitto ry
Jaana Tiiri
Vammaisten naisten valtakunnallinen yhdistys Rusetti ry