Vuosikokous valitsee Naisjärjestöjen Keskusliitolle hallituksen, johon kuuluvat puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa ja kymmenen jäsentä. Hallituksen puheenjohtajan ja muun jäsenen toimikausi on kolme vuotta. Henkilö voi olla hallituksen jäsen yhtäjaksoisesti enintään kuusi vuotta.
Hallitusta auttavat päätöksenteossa erilaiset toimikunnat: viestinnän, vaikuttamisen ja kansainvälisten asioiden toimikunta, oikeudellinen toimikunta, järjestö- ja taloustoimikunta, työvaliokunta, henkilöstövaliokunta ja vaalivaliokunta. Toimikuntien puheenjohtajina toimivat Keskusliiton hallituksen jäsenet, mutta jäseniä voivat olla myös hallituksen ulkopuoliset jäsenjärjestöjen edustajat.
Hallitus 2023
Puheenjohtaja

Saara-Sofia Sirén
Suomen Voimisteluliitto ry
Hallituksen jäsenet

Bahar Mozaffari
Varapuheenjohtaja
Monika-Naiset Liitto ry

Tuula Pohjola
Varapuheenjohtaja
Soroptimist International Finland ry

Helena Aaltonen
Keskustanaiset ry

Taru Anttonen
Naisten Linja Suomessa ry

Tiina-Emilia Kaunisto
Mothers in Business MiB ry

Aila Naalisvaara
Marttaliitto ry

Carita Orlando
Suomen Yrittäjänaiset ry

Saara Paavola
Kalevalaisten Naisten Liitto ry

Elina Pokki
Kuurojen Liitto ry

Olga Silfver
Monika-Naiset Liitto ry

Jaana Tiiri
Vammaisten naisten valtakunnallinen yhdistys Rusetti ry

Karoliina Tikka
Un Women Suomi ry