Vuosikokous valitsee Naisjärjestöjen Keskusliitolle hallituksen, johon kuuluvat puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa ja kymmenen jäsentä. Hallituksen puheenjohtajan ja muun jäsenen toimikausi on kolme vuotta. Henkilö voi olla hallituksen jäsen yhtäjaksoisesti enintään kuusi vuotta.
Hallitusta auttavat päätöksenteossa erilaiset toimikunnat: viestinnän, vaikuttamisen ja kansainvälisten asioiden toimikunta, oikeudellinen toimikunta, nuorisotoimikunta, järjestö- ja taloustoimikunta, työvaliokunta, henkilöstövaliokunta ja vaalivaliokunta. Toimikuntien puheenjohtajina toimivat Keskusliiton hallituksen jäsenet, mutta jäseniä voivat olla myös hallituksen ulkopuoliset jäsenjärjestöjen edustajat.
Hallitus 2021
Puheenjohtaja
Eva Biaudet
Svenska Kvinnoförbundet rf & Finlands svenska Marthaförbund rf
Hallituksen jäsenet
Larisa Arminen
Varapuheenjohtaja
Kokoomuksen Naisten Liitto ry
Helena Aaltonen
Keskustanaiset ry
Nina Hahtela
Suomen sairaanhoitajaliitto ry
Annica Moore
Mothers in Business ry
Bahar Mozaffari
Monika-Naiset liitto ry
Marja Pihnala
Rusetti – Vammaisten naisten valtakunnallinen yhdistys ry
Tuula Pohjola
Varapuheenjohtaja
Soroptimist International Finland ry
Carita Orlando
Suomen Yrittäjänaiset ry
Anu Talka
Marttaliitto ry
Pirta Hulsi
Suomen Voimisteluliitto ry, Suomen Naisyhdistys ry
Taru Anttonen
Naisten Linja Suomessa ry
Saara Paavola
Kalevalaisten Naisten Liitto ry