Vuosikokous valitsee Naisjärjestöjen Keskusliitolle hallituksen, johon kuuluvat puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa ja kymmenen jäsentä. Hallituksen puheenjohtajan ja muun jäsenen toimikausi on kolme vuotta. Henkilö voi olla hallituksen jäsen yhtäjaksoisesti enintään kuusi vuotta.
Hallitusta auttavat päätöksenteossa erilaiset toimikunnat: viestinnän, vaikuttamisen ja kansainvälisten asioiden toimikunta, oikeudellinen toimikunta, nuorisotoimikunta, järjestö- ja taloustoimikunta, työvaliokunta, henkilöstövaliokunta ja vaalivaliokunta. Toimikuntien puheenjohtajina toimivat Keskusliiton hallituksen jäsenet, mutta jäseniä voivat olla myös hallituksen ulkopuoliset jäsenjärjestöjen edustajat.
Puheenjohtaja
Eva Biaudet
Hallituksen jäsenet
Satu Keiski-Toni
Varapuheenjohtaja
Suomen Akateemisten Naisten Liitto ry
Larisa Arminen
Varapuheenjohtaja
Kokoomuksen Naisten
Liitto ry
Helena Aaltonen
Suomen Keskustanaiset ry
Nina Hahtela
Suomen sairaanhoitajaliitto ry
Tiina Van Hoorebeke
Kuurojen Liitto ry
Annica Moore
Mothers in Business ry
Bahar Mozaffari
Monika-Naiset Liitto ry
Marja Pihnala
Rusetti – Vammaisten naisten valtakunnallinen yhdistys ry
Tuula Pohjola
Soroptimist International Finland ry
Carita Orlando
Suomen Yrittäjänaiset ry
Anu Talka
Marttaliitto ry
Pirta Hulsi
Suomen Voimisteluliitto ry, Suomen Naisyhdistys ry