Vuosikokous valitsee Naisjärjestöjen Keskusliitolle hallituksen, johon kuuluvat puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa ja kymmenen jäsentä. Hallituksen puheenjohtajan ja muun jäsenen toimikausi on kolme vuotta. Henkilö voi olla hallituksen jäsen yhtäjaksoisesti enintään kuusi vuotta.
Hallitusta auttavat päätöksenteossa erilaiset toimikunnat: viestinnän, vaikuttamisen ja kansainvälisten asioiden toimikunta, oikeudellinen toimikunta, nuorisotoimikunta, järjestö- ja taloustoimikunta, työvaliokunta, henkilöstövaliokunta ja vaalivaliokunta. Toimikuntien puheenjohtajina toimivat Keskusliiton hallituksen jäsenet, mutta jäseniä voivat olla myös hallituksen ulkopuoliset jäsenjärjestöjen edustajat.
Hallitus 2021
Puheenjohtaja

Eva Biaudet
Hallituksen jäsenet

Larisa Arminen
Varapuheenjohtaja
Kokoomuksen Naisten Liitto ry

Helena Aaltonen
Keskustanaiset ry

Nina Hahtela
Suomen sairaanhoitajaliitto ry

Annica Moore
Mothers in Business ry

Bahar Mozaffari
Monika-Naiset liitto ry

Marja Pihnala
Rusetti – Vammaisten naisten valtakunnallinen yhdistys ry

Tuula Pohjola
Soroptimist International Finland ry

Carita Orlando
Suomen Yrittäjänaiset ry

Anu Talka
Marttaliitto ry

Pirta Hulsi
Suomen Voimisteluliitto ry, Suomen Naisyhdistys ry

Taru Anttonen
Naisten Linja Suomessa ry

Saara Paavola
Kalevalaisten Naisten Liitto ry