Vuosikokous valitsee Naisjärjestöjen Keskusliitolle hallituksen, johon kuuluvat puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa ja kymmenen jäsentä. Hallituksen puheenjohtajan ja muun jäsenen toimikausi on kolme vuotta. Henkilö voi olla hallituksen jäsen yhtäjaksoisesti enintään kuusi vuotta.
Hallitusta auttavat päätöksenteossa erilaiset toimikunnat: viestinnän, vaikuttamisen ja kansainvälisten asioiden toimikunta, oikeudellinen toimikunta, järjestö- ja taloustoimikunta, työvaliokunta, henkilöstövaliokunta ja vaalivaliokunta. Toimikuntien puheenjohtajina toimivat Keskusliiton hallituksen jäsenet, mutta jäseniä voivat olla myös hallituksen ulkopuoliset jäsenjärjestöjen edustajat.
Hallitus 2023
Puheenjohtaja
Saara-Sofia Sirén
Suomen Voimisteluliitto ry
Hallituksen jäsenet
Bahar Mozaffari
Varapuheenjohtaja
Monika-Naiset Liitto ry
Tuula Pohjola
Varapuheenjohtaja
Soroptimist International Finland ry
Helena Aaltonen
Keskustanaiset ry
Taru Anttonen
Naisten Linja Suomessa ry
Tiina-Emilia Kaunisto
Mothers in Business MiB ry
Aila Naalisvaara
Marttaliitto ry
Carita Orlando
Suomen Yrittäjänaiset ry
Saara Paavola
Kalevalaisten Naisten Liitto ry
Elina Pokki
Kuurojen Liitto ry
Olga Silfver
Monika-Naiset Liitto ry
Jaana Tiiri
Vammaisten naisten valtakunnallinen yhdistys Rusetti ry
Karoliina Tikka
Un Women Suomi ry