Ylintä päätäntävaltaa Naisjärjestöjen Keskusliitossa käyttää vuosikokous. Jokaisella jäsenjärjestöllä on kokousedustajapaikkoja yhdestä viiteen – suhteessa omaan jäsenmääräänsä.
Vuosikokous valitsee Naisjärjestöjen Keskusliitolle hallituksen, johon kuuluvat puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa ja kymmenen jäsentä.
Hallitusta auttavat päätöksenteossa erilaiset toimikunnat. Toimikuntien puheenjohtajina ovat Keskusliiton hallituksen jäsenet, mutta jäseniä voivat olla myös hallituksen ulkopuoliset jäsenjärjestöjen edustajat.
Vuosikokous
Naisjärjestöjen Keskusliiton vuosikokous valitsee neljä uutta jäsentä liiton hallitukseen erovuoroisten jäsenten tilalle. Vaalivaliokunta pyytää jäsenjärjestöiltä ehdotuksia hallituksen jäseniksi. Vaalivaliokunta kannustaa jäsenjärjestöjä esittämään yhteisiä ehdokkaita ja kiinnittämään huomiota siihen, että ehdokkailla tulisi olla vankkaa järjestökokemusta. Jäsenjärjestöt saavat ehdokaslomakkeet ja toimintaohjeet sähköpostitse.
Toimikunnat 2023
- Työvaliokunta
- Hallitus määrittelee työvaliokunnan tehtävät. Työvaliokuntaan kuuluvat liiton puheenjohtaja, varapuheenjohtajat ja toimikuntien puheenjohtajat. Työvaliokunnan sihteerinä toimii NJKL:n pääsihteeri ja/tai järjestöpäällikkö
- Henkilöstö- ja taloustoimikunta
- Vaikuttaminen, viestintä ja kansainväliset asiat -toimikunta
- Oikeudellinen toimikunta
- Jäsenet: Terttu Utriainen, Kevät Nousiainen, Kristina Stenman, Mirva Sihvonen, Heini Vaari, Anja-Riitta Ketokoski, Katariina Pursimo, Eva Biaudet